L’eau est le milieu ou les interactions sont les plus fortes et revêtent un double aspect :
 un aspect qualitatif où l’enjeu, pour l’agriculture, est la maîtrise des fuites dans l’eau de nitrates ou de résidus phytosanitaires, de matières organiques, de terre en suspension... On parle de gestion qualitative de l’eau.

 un aspect quantitatif : l’agriculture doit gérer au mieux les prélèvements estivaux en respectant le milieu aquatique.

Les interactions agriculture-sol sont également importantes. C’est pourquoi les acteurs de l’agriculture mettent en oeuvre une gestion durable des sols agricoles. Elle passe en priorité par la maîtrise de l’érosion et le maintien du potentiel agronomique des sols.

Ces dernières années, l’énergie est au centre de nouvelles réflexions visant, par exemple, l’économie de consommations d’énergies fossiles, la production d’énergies renouvelables.

Les activités agricoles ont un impact sur la qualité de l’air : les actions doivent porter sur la réduction des émissions de gaz à effet de serre (en particulier des émissions d’oxydes d’azote et de méthane) et sur le stockage du carbone dans les sols.

Préserver l’environnement passe également pas une maîtrise de la production des déchets. Elle passe par le recyclage des déchets d’emballages des intrants mais aussi par la valorisation agricole des boues et déchets urbains.

L’agriculture joue un rôle positif dans le maintien de la biodiversité et plus particulièrement l’élevage, dans les milieux naturels sensibles.

Enfin, l’agriculture façonne les paysages. De plus, le maillage du paysage agricole par des éléments naturels fixes a un rôle positif sur différents compartiments de l’environnement (eau, sol, biodiversité).